বাংলাদেশ সাংবাদিক কল্যাণ ট্রাস্ট ১৩ সদস্য বিশিষ্ট একটি ট্রাস্টি বোর্ডের মাধ্যমে পরিচালিত হয়। তথ্য ও সম্প্রচার মন্ত্রী, তথ্য ও সম্প্রচার সচিব, সংশ্লিষ্ট মন্ত্রণালয়ের প্রতিনিধিবৃন্দ, সাংবাদিক ইউনিয়ন এবং সরকার কর্তৃক মনোনীত বিশিষ্ট সাংবাদিকদের সমন্বয়ে এই ট্রাস্টি বোর্ড গঠিত হয়। মাননীয় তথ্য ও সম্প্রচার মন্ত্রী পদাধিকার বলে ট্রাস্টি বোর্ডের চেয়ারম্যান, মাননীয় তথ্য ও সম্প্রচার সচিব পদাধিকার বলে ভাইস চেয়ারম্যান এবং ব্যবস্থাপনা পরিচালক পদাধিকার বলে সদস্য-সচিব।